Ëffentlech Daten Analyse
Daten iwwer SARS-CoV-2 Lineages an den Datum wou d'Probe aus de Sequenzen aus Chile geholl gouf, goufen vum Consorcio Genomas CoV2 Site kritt. https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. Impfungsdaten goufen aus ëffentlechen Donnéeën vum Ministère fir Wëssenschaft, Technologie, Wëssen an Innovatioun kritt https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (Produkt 83).
Infektivitéit Assay
Pseudotypéiert Virussen, déi verschidde SARS-CoV-2 Spikeproteine droen, goufen virbereet wéi mir virdru beschriwwen hunn12. Kuerz gesot, HIV-1-baséiert SARS-CoV-2 Pseudotypen goufen an HEK293T Zellen produzéiert andeems de pNL4.3-ΔEnv-Luc transfektéiert gouf zesumme mam entspriechende pCDNA-SARS-CoV-2 Spike Kodéierungsvektor an engem 1: 1 Molare Verhältnis. Plasmiden, déi eng codon-optimiséiert Spike kodéieren, déi déi lescht 19 Aminosäuren vum C-terminalen Enn (SΔ19) fehlen, bekannt fir Retentioun am endoplasmatesche Retikulum ze vermeiden12 goufen duerch Gensynthese oder personaliséiert Site-directed Mutagenese (GeneScript) kritt an enthalen déi folgend Mutatiounen: Lineage A (Referenz Sequenz), Lineage B (D614G), Lineage B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), Lineage P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027G, T37 75- 76, L246Q, F252S, D452G, T490N). All Pseudotyppräparatioun gouf duerch Zentrifugéierung bei 614 U/min bei Raumtemperatur geläscht, quantifizéiert mat dem HIV-859 Gag p3,000 Quantikine ELISA Kit (R&D Systemer), aliquotéiert a 1% fetal Rëndserum (Sigma-Aldrich) a bei -24 ° C gelagert bis benotzen. Verschidde Quantitéite vu pseudotypéiert Viren (wéi bestëmmt duerch d'Niveaue vum HIV-50 p80 Protein) goufen benotzt fir HEK-ACE1 Zellen ze infizéieren a 24 Stonnen méi spéit gouf d'Luciferase-Luciferase-Aktivitéit mat der Luciferase Assay Reagent (Promega) an enger Glomax 2 Mikroplate gemooss. Luminometer (Promega).
Neutraliséierungsanalyse
Pseudotypéiert Virusneutraliséierungsassays goufen am Wesentlechen ausgefouert wéi mir virdru beschriwwen hunn12. Kuerz, Serien Verdünnungen vun de Plasma Echantillon (1:4 bis 1:8748) goufen an DMEM mat 10% Fetal Rëndfleesch serum virbereet an incubated mat 5 ng vun p24 vun all pseudotyped Virus während 1h bei 37 ° C an dann, 1 × 104 vun HEK-ACE2 Zellen goufen zu all gutt dobäi. HEK293T Zellen (net ausdrécken ACE2) mat der pseudotyped Virus (Lineage A) incubated sech als negativ Kontroll benotzt. Zellen goufen 48 Stonnen méi spéit lysed, an Feierblumm Luciferase Aktivitéit war mat der Luciferase Assay Reagent (Promega) an engem Glomax 96 Microplate luminometer (Promega) gemooss. De Prozentsaz vun Neutraliséierung fir all Verdünnung gouf berechent an d'ID50 vun all Probe gouf mat GraphPad Prism Versioun 9.0.1 berechent.
Statistesch Analysen
Statistesch Analysë goufen mat GraphPad Prism Software Versioun 9.1.2 gesuergt. Multiple Gruppevergläicher fir neutraliséierend Antikörpertiter (NAbTs) géint e Panel vu SARS-CoV-2 pseudotypéierte Virussen souwéi Vergläicher vun NAbs Äntwerte no Geschlecht a Rauchstatus goufen mat engem gepaarten Wilcoxon ënnerschriwwenen Test duerchgefouert. Faktor Ännerung gouf als Ënnerscheed vun geometreschen heescht Titer an der ID berechent50 am Verglach mat deem vum Wild Typ pseudotypéierte Virus. Korrelatiounsanalyse tëscht NAbTs an Alter oder BMI gouf mam Spearman Test duerchgefouert. Ee-Manéier ANOVA an Tukey d'Multiple Verglach Test sech fir statistesch Analyse vun infectivity gesuergt. A p Wäert ≤0.05 war als statistesch relevant considéréiert.
Ethical approval
De Studieprotokoll gouf vum Ethikkomitee vun der Fakultéit fir Medezin an der Universidad de Chile (Projeten N° 0361-2021 an N° 096-2020) a Clínica Santa Maria (Projet N°132604-21) guttgeheescht. All Donateuren hunn déi informéiert Zoustëmmung ënnerschriwwen, an hir Proben goufen anonymiséiert.
Impakt vun de Spike Mutatiounen an der Lambda Variant op Infektivitéit an neutraliséierend Antikörperreaktiounen
Eng Analyse vun 3695 Sequenzen aus Chile deposéiert bei GISAID de 24. Junith 2021 weist eng kloer Dominanz vun de SARS-CoV-2 Varianten Gamma a Lambda wärend dem leschten Trimester Comptabilitéit, zesumme fir déi 79% vun alle Sequenzen.
Interessanterweis ass dës Period duerch eng massiv Impfungskampagne geprägt ginn, an där 65.6% vun der Zilbevëlkerung (18 Joer al an eeler Leit) e komplette Impfungsschema wéi de 27. Juni kritt hunnth 2021
Virausgesat datt 78.2% vun de Leit, déi mat engem komplette Schema inokuléiert goufen, déi inaktivéiert Virus Impfung CoronaVac vu Sinovac Biotech kruten, hu mir probéiert den Impakt vun de Spike Mutatiounen, déi an der Lambda Variant präsent sinn, op d'neutraliséierend Kapazitéit vun Antikörper z'ënnersichen, déi vun dëser Impfung ausgeléist ginn.
Fir dëst hu mir HIV-1-baséiert SARS-CoV-2 pseudotypéiert Virussen generéiert, déi d'Spikeprotein aus der Wuhan-1 Referenzlinie droen (Wild Typ; Lineage A), der D614G Mutatioun (Lineage B), an der Alpha (Lineage B). .1.1.7), Gamma (Linn P.1) an Lambda (Linn C.37) Varianten.
Wärend Viruspräparatioun hu mir konsequent observéiert datt Zellen infizéiert mam pseudotypéierte Virus, deen d'Lambda Spike droen, bedeitend méi héich Biolumineszenzwäerter produzéieren am Verglach zum D614G Mutant oder den Alpha a Gamma Varianten, déi erhéicht Infektivitéit ugedriwwen duerch de Lambda Spike Protein.
Figure 1.Infektivitéit vermittelt duerch verschidde Spikeproteine.
(A) Schematesch Duerstellung vum SARS-CoV-2 Spikeprotein an de Varianten, déi an dëser Studie benotzt ginn. Lineages ginn an parenthesis uginn. RBD, Rezeptor-bindende Domain, CM; zytoplasmesche Schwanz.
(B) Titratioun vun de Pseudotypen vun all Lineage mat gläichwäertege Quantitéiten vun HIV-1 p24. D'Feierflue luciferase Aktivitéit war als relativ luminescence Unitéiten (RLU) bei 48 Stonnen Post-Infektioun gemooss. D'Moyenne an d'SD goufen aus engem representativen Triplicate Experiment berechent.
Als nächst hu mir déi uewe genannte pseudotypéiert Viren benotzt fir Neutraliséierungsanalysen ze maachen mat 79 Plasma Proben vu gesonde Gesondheetsariichter aus Universidad de Chile a Clínica Santa María zu Santiago, Chile.
Mir hunn 4 Proben ausgeschloss well mir net konnten en ID50 Titer berechnen. Vun den analyséierten Echantillon entsprécht 73% Fraen, Mëttelalter 34 Joer (IQR 29 - 43) an e Kierpermax Index (BMI) vu 25 (IQR 22.7 - 27). Eng 20.5% vun de Participanten hunn deklaréiert aktiv Fëmmerten ze sinn wärend d'Immuniséierungsperiod gedauert. Echantillon goufen an engem Median vun 95 Deeg (IQR 76 - 96) no der zweeter Dosis vun der CoronaVac Impfung kritt
Mir hunn observéiert datt d'Neutraliséierung vum pseudotypéierte Virus deen de Wild-Typ Spikeprotein droen zu enger 50% hemmende Verdünnung gefouert huet (ID50) bedeit den Tittner vun 191.46 (154.9 - 227.95, 95% ci,), wärend et 153.92 (115.68) CI) CI) CI.192.16 - 95 - 124.73, 86.2% ) an 163.2 (95 - 104.57, 75.02% CI) fir pseudotypéiert Viren, déi de Spikeprotein vum D134.11G Mutant oder den Alpha, Gamma a Lambda Varianten droen, respektiv.
Mir hunn och observéiert datt de geometreschen mëttleren Titer vun der ID50 D'Titer sinn ëm e Faktor vun 3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI) erofgaang fir de pseudotypéierte Virus deen d'Lambda Spike droen, 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI) fir de Gamma Spike, 2.03 (1.71 - 2.41 CI,) fir den Alpha Spike an 95 (1.37 - 1.20, 1.55% CI) fir den D95G Spike am Verglach zum Wild Typ Spike.
Keng Korrelatioun tëscht Geschlecht, Alter, Kierpermass Index (BMI) oder Rauchstatus an neutraliséierend Antikörpertiter goufen an eiser Studiekohort observéiert.
Figure 2.Neutraliséierungsanalyse mat Plasma Echantillon vu CoronaVac Impfungen
(A) Ännerungen am géigesäitege 50% Neutraliséierungstiter (ID50) a Plasma Echantillon vu 75 Empfänger vun der CoronaVac Impfung géint den D614G (Lineage B), Alpha (Lineage B.1.1.7),
Gamma (Lineage P.1) a Lambda (Lineage C.37) Varianten am Verglach mam Wild-Typ Virus. D'Resultater ginn als den Ënnerscheed an Neutraliséierungstitere vu passenden Proben ugewisen. P Wäerter fir de Verglach vun der ID50 gi mat Wilcoxon ënnerschriwwene Rang Test berechent.
(B) Box Komplott uginn de Steiren an interquartile Gamme (IQR) vun ID50 fir all pseudotypéierte Virus. Faktor Ännerungen ginn als Ënnerscheed vum geometresche Mëtteltiter an der ID gewisen50 am Verglach mat deene fir de Wild Typ pseudotypéierte Virus. Statistesch Analysë goufen mat der Wilcoxon reagéiert-Pairen ënnerschriwwen-Platz Test gesuergt.
Zesummen hunn eis Donnéeën opgedeckt datt d'Spikeprotein vun der nei unerkannter Variant vun Interesse Lambda, héich zirkuléiert a Chile a Südamerikanesch Länner, Mutatiounen dréit, déi erhéicht Infektivitéit an d'Fäegkeet ze flüchten aus neutraliséierend Antikörper entstinn duerch CoronaVac.
